La rica historia de esta ciudad colonial está contada en varios museos que le cuentan a cada turista la historia de este precioso lugar.
Comayagua tiene cinco museos que abarcan la historia colonial y republicana de Honduras.
Museo de Comayagua: Inmueble del siglo XVI, museo de arqueología e historia de Honduras. El edificio fue sede de la Presidencia de la República desde 1824 hasta 1880 cuando Comayagua era la capital de Honduras.
Museo Colonial de Arte Religioso: Inmueble del siglo XVI, museo de la historia y conservación del arte religioso colonial. Es el único museo de arte religioso en Honduras.
Museo Histórico y Cívico y Casa Cabañas: Inmueble del siglo XVIII, museo de la historia de los presidentes de Honduras y casa histórica del presidente José Trinidad Cabañas Fiallos.
Museo Casa José Santos Guardiola: Inmueble del siglo XVIII, museo de la vida del quinto presidente y casa histórica del presidente José Santos Guardiola Bustillo.
Museo Casa Colonial Familia Castillo: Museo de la historia, vida y sociedad colonial hondureña de Nueva España.
